Das Methodenpapier legt dar, welche Aufgaben das AQUA-Institut im Rahmen der Durchführung der einrichtungsübergreifenden Qualitätssicherung hat und auf welche Weise sektorenübergreifende Verfahren der Qualitätssicherung entwickelt werden. Es dient als verbindliche Arbeitsgrundlage für das Institut, seine Mitarbeiter, die Nachunternehmer und die externen Kooperationspartner. Weiterhin dient es dem Gemeinsamen Bundesausschuss als eine Grundlage zur Überprüfung der Entwicklungsleistungen des Instituts. Nicht zuletzt ermöglicht die transparente Darstellung grundlegender Arbeitsweisen einen öffentlichen Diskurs über die strukturierte Weiterentwicklung der externen Qualitätssicherung. In diesem Sinne ist das Methodenpapier keine statische Arbeitsgrundlage. Vielmehr wird es im Zuge gewonnener Erkenntnisse bei der Verfahrensentwicklung und neuer Forschungsergebnisse angepasst.